En el ámbito de la investigación, el actual Director General del Instituto de Investigaciones Doctor José María Luis Mora (Instituto Mora) trabaja en proyectos relacionados con la modernización fiscal en América Latina, siglos XVIII al XX.
Ha publicado diversos estudios sobre este tema entre los cuales destacan La Real Hacienda de Nueva España. Su administración en la época de los intendentes; Penuria sin fin. Historia de los impuestos en México, siglos XVIII al XX, y De riqueza e inequidad. El problema de las contribuciones directas en América Latina.
Desde finales de los años noventa, ha apoyado la investigación y publicación de trabajos orientados a esta línea de investigación. De estos últimos destacan los trabajos coordinados en colaboración con José Antonio Serrano Ortega, como Hacienda y política. Las finanzas públicas y los grupos de poder en la Primera República Federal Mexicana (1998) y Finanzas públicas siglos XVIII y XIX (1998).
La red de estudios sobre las Finanzas Públicas Mexicanas ha realizado múltiples investigaciones sobre esta temática. Los principales avances y descubrimientos de estas investigaciones se han presentado en sesiones de simposios y congresos nacionales e internacionales.
Como secretario (2004-2007) y después presidente (2007-2010 y 2010-2012) de la Asociación Mexicana de Historia Económica ha apoyado la ampliación del conocimiento del pasado fiscal mexicano y latinoamericano.
En el ámbito de la docencia, Luis Jáuregui ha impartido cursos y talleres sobre la Historia de los Impuestos en México. Recientemente ha publicado una síntesis del comportamiento financiero público del gobierno mexicano en las primeras décadas del periodo independiente, así como un trabajo sobre las participaciones federales en México durante el siglo XIX.