La Maestría en Historia Moderna y Contemporánea se creó en 1994 con el objetivo de consolidar un espacio de alto nivel académico para la formación de recursos humanos en Historia Moderna y Contemporánea.
La maestría forma parte del Sistema Nacional de Posgrado de Consejo Nacional de Humanidades, Ciencias y Tecnologías, lo que permite a los estudiantes contar con una beca de manutención, de manera que puedan dedicarse de tiempo completo a estudios. El registro ante CONAHCYT se ha mantenido desde su inscripción, una muestra del nivel de excelencia que el programa mantiene en la formación de nuevos cuadros.
La maestría tiene una duración de dos años y la distribución de la carga curricular se divide en cursos monográficos, de especialización y seminario de tesis. Cada uno de ellos está dirigido a reforzar la formación académica de los estudiantes y otorgar las
herramientas necesarias para el trabajo de investigación.
Los seminarios de tesis, desde el primero hasta el cuarto semestre, permiten a profesores y estudiantes un seguimiento puntual de sus investigaciones y llevar a buen término la defensa de su tesis al término del cuarto semestre del programa. Las tesis desarrolladas por los estudiantes se inscriben en las líneas temáticas y temporales desarrollas en el Instituto. Estas líneas de investigación responden a las demandas historiográficas y de innovación del mercado laboral nacional e internacional en las áreas de historia y ciencias sociales.