La Maestría cuenta con cuatro Ejes Formativos: 

1) Teórico: Donde se abordan las teorías del desarrollo y post desarrollo asegurando un acercamiento crítico al conce​pto rector de las estrategias de cooperación internacional; el análisis de la evolución histórica de la cooperación internacional, sus conceptos e instrumentos principales; enfoques de relaciones internacionales y su aplicación en escenarios regionales y temas transversales.

2) Metodológico:  contempla cursos de metodologías cuantitativas y cualitativas de investigación, así como diseño de la investigación, y talleres para la aplicación de los modelos metodológicos en el análisis de la práctica de la cooperación internacional en campo; también se brindan bases para el diseño de proyectos creativos e innovadores que atienden los problemas públicos más relevantes y su gestión.

3) Práctico: pone a prueba la metodología de investigación diseñada en la práctica a través de un acercamiento directo con los procesos y actores de la cooperación internacional, gracias a la realización de una práctica institucional.

4) Integración: consiste en la contrastación de resultados obtenidos gracias a la práctica institucional y la finalización de redacción de su tesis.​